Vários anos se passam até que os membros da família Winchester separam-se. Cansado dessa vida bizarra, Sam decide ir para a faculdade e levar uma vida normal, após uma discussão violenta com o pai. Enquanto isso, John e Dean continuam a caçar as criaturas do mal.

Três anos mais tarde, John desaparece, e a mesma coisa que matou a mãe de Dean e Sam, em 1983, retorna e faz com que Jessica (namorada de Sam) tenha o mesmo fim trágico de Mary.Isso faz com que Dean vá a faculdade chamar Sam para se juntar a ele. Somada ao desaparecimento de seu pai, a dor da perda de Jess faz com que Sam se junte a Dean novamente. Desde então, ambos rodam as estradas em um Chevy Impala 1967 por todo os Estados Unidos, caçando tudo que seja sobrenatural. Equipados com meios tecnológicos, armas, balas de prata, sal, estacas, etc., e um velho diário do pai que guarda muitas pistas de seu paradeiro assim como informações preciosas nessa cruzada contra o Sobrenatural do mal.

No fim da primeira temporada Dean e Sam finalmente encontram seu pai e descobrem mais sobre o que matou Mary e Jess. Foi o Demônio de Olhos Amarelos, que tem planos de provocar uma guerra entre os seres do mal e os humanos.

John está obcecado em matar o demônio com o Colt (uma arma que, segundo lendas, consegue matar qualquer coisa); e os três entram em confronto com o vilão nos últimos momentos da primeira temporada.